Microbiologie et hygiène hospitalière
Pôle Biologie Pathologie

Présentation du service

Bactériologie / Hygiène microbiologique - Domaines d’activité et/ou de référence :

Centre National de référence des Brucelloses

Laboratoire expert régional pour le dépistage des carbapénémases

• Diagnostic bactériologique en routine: bactéries aérobies, bactéries anaérobies
  
• Diagnostic moléculaire: approches syndromiques, universelles (ADNr 16S)
• Culture et antibiogramme des mycobactéries
• Optimisation et évaluation de l’usage des antibiotiques : Conseil thérapeutique.
  Etude des mécanismes de résistance des bacilles à Gram négatif aux antibiotiques, notamment les béta-lactamines.
  Epidémiologie de la résistance bactérienne hospitalière et extra-hospitalière. Evaluation de l'activité de nouveaux antibiotiques. Surveillance internationale de la résistance aux antibiotiques.
  Recherche clinique.
• Infection des plaies cutanées chroniques et en particulier les infections des plaies du pied chez le diabétique : Epidémiologie bactérienne.
  Marqueurs de virulence des bactéries impliquées.
  Différenciation infection - colonisation : marqueurs biologiques et génétiques des bactéries.
  Evaluation de l’activité des nouveaux traitements antibiotiques.
  Recherche clinique.
• Lutte contre les infections associées aux soins, Clostridium difficile et les bactéries multirésistantes : Epidémiologie, facteurs de risque, mortalité, imputabilité des infections associées aux soins.
  Etude des mécanismes de multi-résistance bactérienne (enzymatiques, imperméabilité, efflux...).
  Prévention des infections (canneberge, prothèses anti-adhérentielles). Expertise (typage moléculaire des souches, conseils).
  Recherche clinique.
• Développement des relations internationales : Haï Phong (Vietnam), Annaba (Algérie), Béjaia (Algérie), Constantine (Algérie), Yaoundé (Cameroun), Sénégal, Burkina Faso, Guinée, RD Congo.
• Réunions de concertation pluridisciplinaire
• Accréditation des actes de biologie médicale
• Recherche fondamentale et transversale : Unité INSERM 1047 - Virulence bactérienne et maladies infectieuses
  Thématiques :
  
  • pathologies chroniques, virulence bactérienne, coopération bactérienne, microbiotes cutané et osseux.
  • Brucellose et virulence
  • Burkholderia et Mucoviscidose
• UMR 5569 - Pathogènes hydriques Santé Environnement
  Thématiques :
  
• • étude comparatives de populations bactériennes environnementales et cliniques
  • taxonomie bactérienne (bactéries anaérobies, bacilles à Gram négatif non fermentants)
  • pathogènes opportunistes et mucoviscidose
  • études des mécanismes d'adaptation des bactéries environnementales hydriques pathogènes de l'homme afin d'expliquer et de prédire leur émergence, leur résistance, leur transmission, leur persistance (infections chroniques) et leur comportement épidémique.
    

Virologie - Domaines d’activité et/ou de référence :

• Sérodiagnostic des infections virales et bactériennes
• Cultures virales
• Diagnostic rapide : virus respiratoires, virus entériques, Antigénémie CMV
• Biologie moléculaire : Recherche virus par PCR dans différents prélèvements.
• Quantification, génotypage, séquençage (VIH, Virus de hépatite C)
• Participation à la surveillance nationale et régionale des infections virales (réseaux RENARUB, RHEVIR…..)
• Participation aux essais ANRS.

Parasitologie / Mycologie - Domaines d’activité et/ou de référence :

• Diagnostic en Parasitologie et Mycologie
• Conseil thérapeutique
• Consultation de Parasitologie- Mycologie - Médecine tropicale et Médecine des Voyages